CiRAメンバー
主任研究員：堀田 秋津 Ph.D.
- 出身：愛知県 名古屋市
- 好物：味噌かつ、各国料理
- 趣味：キーボード演奏、DIY (このホームページもDIYです)
- 特技：物の修理
（パソコン、家電、家具、子供のおもちゃ等々、なるべく修理して再利用できるようにする） - 一言：研究者・教育者になることは昔から夢でした。今は、少しでも自分の研究成果で世の中の役に立てるよう、精進の毎日です。
| 2001年3月 |
名古屋大学 工学部 化学・生物工学科 卒業
UNIX環境にてC言語を用いたタンパク質の二次立体構造データベースを構築する。（山根隆研究室） |
| 2006年3月 |
名古屋大学 工学研究科生物機能工学専攻 博士課程修了 (工学博士)
ウイルスベクターを用いて卵中に医療用タンパク質を生産するトランスジェニック鶏の作製を行う。（飯島信司研究室） |
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2006年4月 ~2010年2月 |
トロント小児病院発生・幹細胞部門 博士研究員
先天性重度貧血やレット症候群に対する遺伝子治療用ベクターの開発と共に、幹細胞で特異的に発現するウイルスベクターの開発を行う。(James Ellis研究室) |
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2008年6月 ~2010年2月 |
オンタリオ・ヒトiPS細胞研究所 研究員兼任
iPS細胞誘導法の最適化や細胞株ごとの分化万能性の解析を行う。 |
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2010年10月 ~ 2014年3月 |
JST戦略的創造研究推進事業 「さきがけ」研究員兼任
iPS細胞と生命機能領域 第三期 「人為的核内環境制御による高品質iPS細胞の誘導」 |
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2010年3月 ~ 2016年10月 |
京都大学 iPS細胞研究所 (CiRA) 未来生命科学開拓部門 堀田研究室 主任研究員/特定拠点助教
2010年4月にiPS細胞研究センターから改称。2015年6月には初期化機構研究部門から部門名変更。 京都大学 物質-細胞統合システム拠点 (iCeMS) 特定拠点助教 |
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2016年4月 ~ 現在 |
T-CiRAプログラム 堀田プロジェクト プロジェクトリーダー (兼任)
研究課題「先天性筋疾患に対するゲノム編集遺伝子治療法開発」(T-CiRAのHPへ) |
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2016年10月 ~ 2020年9月 | 京都大学 iPS細胞研究所 未来生命科学開拓部門 堀田研究室 主任研究員/特定拠点講師 (2018年4月より臨床応用研究部門) |
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2019年8月 ~ 2021年7月 | 文部科学省 研究振興局 ライフサイエンス課 生命倫理・安全対策室 学術調査官 |
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2020年10月 ~ 2022年4月 | 京都大学 iPS細胞研究所 臨床応用研究部門 堀田研究室 主任研究員/講師 |
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2022年5月 ~ 現在 | 京都大学 iPS細胞研究所 臨床応用研究部門 堀田研究室 主任研究員/准教授 |
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2016年7月 ~現在 |
日本ゲノム編集学会 倫理および規制に関する委員会 委員長 |
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2020年4月 ~現在 |
日本再生医療学会 幹事 |
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2020年8月 ~現在 |
日本ゲノム編集学会 理事 |
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2021年7月 ~現在 |
ISSCR (国際幹細胞学会) Membership Committee, Chair |
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2021年7月 ~現在 |
日本ゲノム編集学会 第七回京都大会 大会長 |
| 2009年 | トロント小児病院 (SickKids) Exceptional Trainee Award |
| 2016年 | 科学技術分野の文部科学大臣表彰 若手科学者賞 |
| 2020年 | 日本再生医療学会 学会賞 (基礎部門) |
特定拠点助教：小島 佑介 Ph.D.
- 出身：愛知県 常滑市
- 好物：ラーメン、肉、ビール
- 趣味：テニス、筋トレ
- 特技：難しいことを分かりやすく説明できる（ことが多い）
- 座右の銘：大器晩成
- 一言：一流の研究者になる事が昔からの夢です。理想と現実の狭間で少しずつ、発展する科学に少しでも貢献したいです。
| 2010年3月 | 名古屋大学 工学部 化学・生物工学科 卒業 |
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2010年4月 ~2015年3月 |
名古屋大学 工学研究科 化学生物工学専攻 修士・博士課程修了 (工学博士) （飯島信司研究室） |
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2015年3月 ~ 2020年3月 | Research Fellow: Department of Oncology, Mayo Clinic (Dr. Machida’s Lab) |
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2020年3月 ~ 2020年6月 | Research Associate: Department of Oncology, Mayo Clinic (Dr. Machida’s Lab) |
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2020年7月 ~ 2021年3月 |
京都大学 iPS細胞研究所 (CiRA) 臨床応用研究部門 堀田研究室 特定研究員 |
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2021年4月 ~ 現在 |
京都大学 iPS細胞研究所 (CiRA) 臨床応用研究部門 堀田研究室 特定拠点助教 |
| 2013年8月 | 日本生物工学会中部支部 中部支部長賞 |
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Huang J, Zhou Q, Gao M, Nowsheen S, Zhao F, Kim W, Zhu Q, , Yin P, Zhang Y, Guo G, Tu X, Deng M, Luo K, Qin B, Machida Y, Lou Z. Tandem Deubiquitination and Acetylation of SPRTN Promotes DNA-Protein Crosslink Repair and Protects against Aging. Molecular Cell, 2020 Jul 1;S1097-2765(20)30429-9. doi: 10.1016/j.molcel.2020.06.027. [PubMed link] [Journal link] |
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, Machida Y, Palani S, Caulfield TR, Radisky ES, Kaufmann SH, Machida YJ. FAM111A protects replication forks from protein obstacles via its trypsin-like domain. Nature Communications, 2020 Mar 12;11(1):1318. doi: 10.1038/s41467-020-15170-7. [PubMed link] [Journal link] *Selected as the Nature Communications Editors’ Highlights by Anne Mirabella |
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Maskey RS, Flatten KS, Sieben CJ, Peterson KL, Baker DJ, Nam HJ, Kim MS, Smyrk TC, , Machida Y, Santiago A, van Deursen JM, Kaufmann SH, Machida YJ. Tandem Deubiquitination and Acetylation of SPRTN Promotes DNA-Protein Crosslink Repair and Protects against Aging. Nucleic Acids Research, 2017 May 5;45(8):4564-4576. doi: 10.1093/nar/gkx107. [PubMed link] [Journal link] |
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, Mizutani A, Okuzaki Y, Nishijima K, Kaneoka H, Sasamoto T, Miyake K, Iijima S. Analyses of chicken sialyltransferases related to N-glycosylation. Journal of Bioscience and Bioengineering, 2015 Jun;119(6):623-8. doi: 10.1016/j.jbiosc.2014.11.009. Epub 2014 Dec 8. [PubMed link] [Journal link] |
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, Wakita J, Inayoshi Y, Suzuki R, Yamada Y, Kaneoka H, Nishijima K, Iijima S. Galactosylation of human erythropoietin produced by chimeric chickens expressing galactosyltransferase. Journal of Bioscience and Bioengineering, 2014 Jun;117(6):676-9. doi: 10.1016/j.jbiosc.2013.11.010. Epub 2013 Dec 17. [PubMed link] [Journal link] |
特定研究員：マシュー ビュークラー BEUCLER Matthew Ph.D.
- 出身：米国オハイオ
- 好物：寿司、ピザ
- 趣味：ゲーム、ネコ、マーシャルアーツ
- 特技：リラックスしたオーラがあるとよく言われます。
- 座右の銘：謙虚で親切に
| 2014年12月 | オハイオ州立大学 微生物学科 卒業 |
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2015年1月 ~2016年6月 | オハイオ州立大学 微生物学科 リサーチアシスタント |
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2016年7月 ~ 2022年5月 | シンシナティ大学 分子遺伝学・生化学・微生物学科 博士課程 修了 |
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2022年7月 ~ 現在 |
京都大学 iPS細胞研究所 (CiRA) 臨床応用研究部門 堀田研究室 特定研究員 |
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, Miller WE. Rescue of Pentamer-Null Strains of Human Cytomegalovirus in Epithelial Cells by Use of Histone Deacetylase Inhibitors Reveals an Additional Postentry Function for the Pentamer Complex. Journal of Virology, 2022 Apr 27;96(8):e0003122. doi: 10.1128/jvi.00031-22. [PubMed link] [Journal link] |
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Morrison KM, , Campbell EO, White MA, Boody RE, Wilson KC, Miller WE. Development of a Primary Human Cell Model for the Study of Human Cytomegalovirus Replication and Spread within Salivary Epithelium. Journal of Virology, 2019 Jan 17;93(3):e01608-18. doi: 10.1128/JVI.01608-18. [PubMed link] [Journal link] |
特定研究員： フー・フイ・ティン HU Hooi Ting Ph.D.
- 出身：マレーシア
- 好物：カレー、トムヤン、フライドチキン、火鍋
- 趣味：歌、楽器(キーボード、ウクレレ)、旅行、写真
- 特技：Adobe Illustratorを使った美しいイラスト作成
- 座右の銘：平静を保ち、普段の生活を続けよ
| 2017年8月 | マレーシアプトラ大学 生物医科学部 (Department of Biomedical Science) 卒業 |
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2018年4月 ~ 2024年3月 |
奈良先端科学技術大学院大学 バイオサイエンス領域 修士・博士過程 修了 (末次研究室) |
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2024年6月 ~ 現在 |
京都大学 iPS細胞研究所 (CiRA) 臨床応用研究部門 堀田研究室 特定研究員 |
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Nishimura, T.*, Oyama, T.*, *, Fujioka, T.*, Hanawa-Suetsugu, K., Ikeda, K., Yamada, S., Kawana, H., Saigusa, D., Ikeda, H., Kurata, R., Oono-Yakura, K., Kitamata, M., Kida, K., Hikita, T., Mizutani, K., Yasuhara, K., Mimori-Kiyosue, Y., Oneyama, C., Kurimoto, K., Hosokawa, Y., Aoki,J.,Takai,Y.,Arita, M., Suetsugu, S. (*: equal contribution) Filopodium-derived vesicles produced by MIM enhance the migration of recipient cells. Developmental Cell, 56, 842-859 e848, Mar 2021. |
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# , Nishimura, T., and Suetsugu, S.# (# : Co-corresponding authors). Ultracentrifugal separation, characterization, and functional study of extracellular vesicles derived from serum-free cell culture. STAR Protocols, 2, 100625, Jun 20 |
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Mukherjee, A., Ron, J. E., , Nishimura, T., Hanawa-Suetsugu, K., Behkam, B., MimoriKiyosue, Y., Gov, N. S., Suetsugu, S., & Nain, A. S. Actin filaments couple the protrusive tips to the nucleus through the I-BAR domain protein IRSp53 during the migration of cells on 1D fibers. Advanced Science, 10(7), 2207368. Mar 2023. |
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, Suetsugu, S., & Nishimura, T. The extracellular vesicles. Plasma Membrane Shaping, 177-191, Jan 2023. |
バイオインフォ研究員：直江 洋一 Ph.D.
- 出身：埼玉県
- 好物：チャーハン
- 趣味：料理
- 一言：NGSのデータ解析を担当させていただいております。スキルアップをしながら研究室の解析力の増強に貢献できるよう努めたいと思います。
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2019年8月 ~ 2022年3月 |
京都大学 iPS細胞研究所 (CiRA) 臨床応用研究部門 堀田研究室 T-CiRA堀田プロジェクト 技術補助/派遣職員 |
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2022年4月 ~ 現在 |
京都大学 iPS細胞研究所 (CiRA) 臨床応用研究部門 堀田研究室 T-CiRA堀田プロジェクト 研究員 |
テクニカルスタッフ：粂田 幸恵 Ph.D.
- 出身：北海道 室蘭市
- 好物：お寿司、餃子
- 趣味：ヴァイオリン演奏
- 特技：大抵の犬種を当てることができる
- モットー：常に感謝の気持ちを持つこと
- 一言：久々の研究のお仕事となります。科学の発展に貢献できるよう日々楽しみながら邁進したいと思います。
| 2006年3月 | 京都大学薬学部総合薬学科 卒業 |
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2006年4月 ~ 2011年3月 | 京都大学大学院薬学研究科創薬科学専攻 修士課程・博士課程修了 |
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2011年4月 ~ 2014年3月 | 国立医薬品食品衛生研究所 生薬部 流動研究員・任期付研究員 |
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2014年4月 ~ 2016年3月 | 京都大学大学院薬学研究科 特定研究員 |
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2023年11月 ~ 現在 |
京都大学 iPS細胞研究所 (CiRA) 臨床応用研究部門 堀田研究室 教務補佐員 |
テクニカルスタッフ：桑原 千佳
- 出身：和歌山
- 好物：チョコレート（ビター）
- 趣味：ドライブ、ヨガ
- 特技：おうち時間の充実
- 口癖：「ま、いっか。」
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2021年3月 ~ 現在 |
京都大学 iPS細胞研究所 (CiRA) 臨床応用研究部門 堀田研究室 テクニカルスタッフ/派遣職員 |
テクニカルスタッフ：坪倉 由美
- 出身：京都府京都市
- 好物：チーズ、栗、さつまいも、かぼちゃ
- 趣味：料理、水引アクセサリー作り
- 特技：マッサージ、薬膳料理が作れること
- 一言：英語は勉強中ですが、日本語でも英語でもコミュニケーションを大事にお仕事をしたいと思います。
| 2011年3月 | 京都大学大学院 医学研究科 人間健康科学系専攻 卒業 |
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2013年11月 ~ 2016年11月 | 東京大学大学院 工学系研究科 テクニシャン |
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2017年9月 ~ 2020年4月 | 昭和大学リウマチ膠原病内科 技術補佐員 |
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2020年6月 ~ 2021年12月 | リジェネフロ株式会社 技術補佐員 |
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2023年4月 ~ 現在 |
京都大学 iPS細胞研究所 (CiRA) 臨床応用研究部門 堀田研究室 テクニカルスタッフ/派遣職員 |
大学院学生：リー ジョセフ LEE Joseph（博士課程）
- 出身：カナダ
- 好物：焼き肉、中華
- 趣味：読書、ゲーム、食べ歩き
- 特技：楽観主義
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2014年 ~ 2018年 | トロント大学 細胞システム生物学 卒業 |
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2018年10月 ~ 2020年3月 | トロント小児病院 (SickKids) 研究生 |
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2020年4月 ~ 2022年3月 |
京都大学 iPS細胞研究所 (CiRA) 臨床応用研究部門 博士前期課程（医学研究科 医科学専攻） |
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2022年4月 ~ 現在 |
京都大学 iPS細胞研究所 (CiRA) 臨床応用研究部門 博士後期課程（医学研究科 医科学専攻） |
大学院学生：パン イギュ BANG Uikyu（博士課程）
- 出身：韓国
- 好物：お寿司、ラーメン
- 趣味：筋トレ、写真
- 特技：社交性、几帳面
- モットー：いつもどこでも諦めずに挑戦するという気持ちを持とう
| 2019年3月 | 東北大学 理学部 生物学科 卒業 |
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2021年4月 ~ 2023年3月 |
京都大学 iPS細胞研究所 (CiRA) 臨床応用研究部門 博士前期課程（医学研究科 医科学専攻） |
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2023年4月 ~ 現在 |
京都大学 iPS細胞研究所 (CiRA) 臨床応用研究部門 博士後期課程（医学研究科 医科学専攻） |
大学院学生：サイ ジェイソン CHOI Ka Ming（修士課程）
- 出身：香港
- 好物：ラーメン、パフェ、肉
- 趣味：小説を読む、スイートを食べる
- モットー：我事に於いて後悔せず
| 2020年7月 | 中文大学 理学部 生化学 卒業 |
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2020年9月 ~ 2022年3月 | ロート・アドバンス・リサーチ香港社 研究テクニシャン |
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2023年4月 ~ 現在 |
京都大学 iPS細胞研究所 (CiRA) 臨床応用研究部門 博士前期課程（医学研究科 医科学専攻） |
研究生：フー ユキ FENG Yuqin
- 出身：中国
- 好物：ニンニク風味、野菜
- 趣味：写真撮影、ハイキング、ビデオゲーム
- 特技：マルチタスク
- モットー：他者に愛を捧げて、役に立つように
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2018年9月 ~ 2023年6月 | 浙江大学 医学部 臨床医学 卒業 |
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2023年8月 ~ 現在 |
京都大学 iPS細胞研究所 (CiRA) 臨床応用研究部門 研究生 |
事務補佐員 (秘書)：中村 美由紀
- 出身：富山県 富山市
- 好物：タイ料理
- 趣味：最近、お寺巡りを始めました
- 特技：人見知りしない
- モットー：明日は明日の風が吹く
- 一言：楽しく仕事をこなしていきたいと思います
T-CiRA湘南分室メンバー
特定研究員：藤本 直子
- 出身：静岡県
- 趣味：旅行、ランニング
- 一言：プロジェクトが達成できるよう、努めさせていただきます。改めまして、どうぞよろしくお願い致します。
| 2008年3月 |
奈良先端科学技術大学院大学 バイオサイエンス研究科 動物細胞工学講座 博士前期過程 修了 |
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2008年4月 ~2010年6月 |
奈良先端科学技術大学院大学 バイオサイエンス研究科 動物細胞工学講座 研究技術員 |
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2010年7月 ~ 2014年7月 |
京都大学 iPS細胞研究所 (CiRA) 初期化機構研究部門 堀田研究室 技術研究員 |
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2014年8月 ~ 2015年4月 |
東京大学 医科学研究所 幹細胞治療研究センター 学術支援専門職員 |
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2015年5月 ~ 2016年3月 |
理化学研究所 袖岡有機合成化学研究室 テクニカルスタッフ |
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2016年4月 ~ 現在 |
京都大学 iPS細胞研究所 湘南分室 T-CiRA堀田プロジェクト 特定研究員 |
派遣研究員：李 冬陽
- 出身：中国 河北唐山
- 好物：餃子、寿司、焼肉、四川火鍋等
- 趣味：旅行、ドライブ、ヨガ、スポーツ等
- 座右の銘：但行好事 莫问前程 (ただ良いことを行い、未来のことは心配するな)
- 一言：科学の発展及び社会の人々の健康に貢献したいです。
| 2014年7月 | 瀋陽薬科大学 薬学部 薬学学科 卒業 |
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2014年10月 ~2019年9月 | お茶の水女子大学 大学院 理学専攻 修士・博士課程 修了 |
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2020年1月 ~ 2021年3月 | 筑波大学 医学医療系 博士研究員 |
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2021年4月 ~ 2022年3月 | 産業技術総合研究所 細胞分子工学研究部 博士研究員 |
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2023年4月 ~ 2024年3月 | 名古屋大学 大学院医学部 特任助教 |
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2024年7月 ~ 現在 |
京都大学 iPS細胞研究所 湘南分室 T-CiRA堀田プロジェクト 派遣職員 |
| Dietary β-conglycinin prevents acute ethanol-induced fatty liver in mice. Ikaga R, Li D, Yamazaki T. Biochem Biophys Res Commun. 2017 Nov 4;493(1):542-547. |
| Soya protein β-conglycinin ameliorates fatty liver and obesity in diet-induced obese mice through the down-regulation of PPARγ. Li D, Ikaga R, Yamazaki T. Br J Nutr. 2018 Jun;119(11):1220-1232. |
| Effective Food Ingredients for Fatty Liver: Soy Protein β-Conglycinin and Fish Oil. Yamazaki T, Li D, Ikaga R. Int J Mol Sci. 2018 Dec 18;19(12):4107. |
| A novel method for measuring diet-induced thermogenesis in mice. Yamazaki T, Ikaga R, Li D, Nakae S, Tanaka S. MethodsX. 2019 Sep 10;6:1950-1956. |
| Fish Oil Increases Diet-Induced Thermogenesis in Mice. Yamazaki T, Li D, Ikaga R. Marine Drugs. 2021 May 17;19(5):278. |
フォトギャラリー
2023年12月 ラボ集合写真
2022年4月 ラボ集合写真
2018年9月 ラボ集合写真
2017年4月 ラボ集合写真
2016年4月 お花見会
2015年4月 お花見会
2014年4月 ラボ集合写真
2011年4月 ラボ集合写真
清水寺
京都の夏の風物詩 五山の送り火
インターンシップ生 (短期受入)
| 在籍者 | 所属 | 在籍期間 | 参加プログラム |
| Samuel Newman | University of Oxford | 2024年7月1日 ~ 8月9日 | CiRA研究インターンシップ |
| Tyler A Matsuzaki | MIT | 2024年6月3日 ~ 8月9日 | MIT-Japan Program |
| 山口 賢昇 (Kensho Gendzwill) | University of Washington | 2023年6月6日 ~ 7月31日 | Amgen Scholars |
| 玉谷 茉帆 | 上智大学 理工学部 | 2019年8月19日 ~ 9月25日 | CiRA研究インターンシップ |
| 白井 那奈子 | Princeton University | 2018年8月8日 ~ 9月7日 | CiRA研究インターンシップ |
| 王 希鴎 (Xiou Wang) | Brandeis University | 2018年6月11日 ~ 8月6日 | Brandeis大学 WOWフェローシップ |
| 阿部 泰子 | 東京大学大学院 理学系研究科 | 2017年8月21日 ~ 9月29日 | CiRA研究インターンシップ |
| Lucy Yang | MIT | 2017年6月14日 ~ 8月30日 | MISTI Internship Program |
| Linxin Gu | Sichuan University | 2017年7月3日 ~ 8月10日 | CiRA研究インターンシップ |
| Julia Kudryashev | MIT | 2016年6月6日 ~ 8月12日 | CiRA研究インターンシップ, MISTI Internship Program |
| Matthew Waller | Duke University | 2016年5月19日 ~ 7月14日 | Robertson Scholars Leadership Program |
| 鈴木 智晴 | 京都大学 医学部 医学科 3回生 | 2015年8月31日 ~ 10月19日 | マイコースプログラム |
過去の在籍者・卒業生
| 在籍者 | 在籍期間 | 次のポジション |
| 北 悠人 | 2018年4月 ~ 2023年3月 | 第一三共 株式会社 |
| 増田 芳恵 | 2021年10月 ~ 2023年3月 | 神戸大学医学部 |
| 大川 夏実 | 2019年9月 ~ 2022年7月 | 京都大学 エネルギー科学研究科 修士課程 |
| 市来 明音 | 2021年5月 ~ 2022年5月 | 東京工業大学 修士課程 |
| 渡邉 啓 | 2018年4月 ~ 2022年3月 | 興和株式会社 |
| エマン タハ | 2020年11月 ~ 2022年1月 | Ain Shams大学 |
| 笹川 典子 | 2010年8月 ~ 2020年5月 | 東北医科薬科大学 |
| 小野 美幸 | 2018年4月 ~ 2020年4月 | バイオベンチャー |
| 岩渕 久美子 | 2017年5月 ~ 2020年4月 | 東京理科大学 |
| 奥嵜 雄也 | 2018年2月 ~ 2020年3月 | 名古屋大学 鳥類バイオサイエンス研究センター 助教 |
| 鍵田 明宏 | 2017年4月 ~ 2020年3月 | 山口大学医学部 (編入) |
| 徐 淮耕 | 2015年4月 ~ 2020年2月 | 米国UCSF Robert Blelloch研究室 |
| Mandy Lung | 2015年6月 ~ 2019年12月 | 京都大学iPS細胞研究所 |
| Peter Gee | 2014年12月 ~ 2019年3月 | MaxCyte, Inc. |
| 井口 聖大 | 2017年11月 ~ 2018年12月 | 東京大学大学院 医学系研究科 |
| 井福 正隆 | 2016年5月 ~ 2018年4月 | 武田薬品工業株式会社 |
| 田中 正視 | 2016年5月 ~ 2017年8月 | DeNAライフサイエンス |
| 石田 健太郎 | 2014年11月 ~ 2017年7月 | 株式会社マイオリッジ |
| 佐伯 涼太 | 2014年4月 ~ 2016年3月 | 大日本住友製薬株式会社 |
| 李 紅梅 | 2011年2月 ~ 2015年6月 | 米国Boston Children’s Hospital / Harvard Medical School |
| 白井 紗矢 | 2011年2月 ~ 2014年3月 | 京都大学生存圏研究所 |
| 仲埜 峻雄 | 2011年4月 ~ 2014年3月 | 民間IT企業 |